Historia de Isla de Flores y cronología del área protegida
La Isla de Flores fue bautizada por el explorador Sebastián Caboto, quien llegó a ella el Domingo de Pascua (Pascua Florida) de 1527, lo que otorgó a la isla su asociación con la festividad de las flores. Desde aquel momento temprano, la isla se convirtió en un punto de referencia utilizado por los navegantes que entraban o salían del Río de la Plata.
La primera ayuda formal a la navegación en la isla se instaló en 1792, cuando las autoridades coloniales españolas colocaron allí el farol de popa del buque de guerra Loreto para que sirviera como baliza. Para 1798, la luz se había trasladado al Cerro de Montevideo, lo que marcó un cambio en la forma en que se dirigía el tráfico marítimo del estuario. En los años siguientes, el faro construido por los portugueses que aún define a la isla entró en servicio en 1828. Este faro se volvió posteriormente central en el Tratado de la Farola de 1819, un episodio diplomático en el que la Banda Oriental perdió las Misiones Orientales, y se ganó el apodo popular de el faro más caro del mundo. El faro permanece activo, tiene 37 metros de altura y emite dos destellos cada diez segundos; hoy en día es operado por el Servicio de Iluminación y Balizamiento de la Armada Nacional de Uruguay.
En siglos más recientes, la Isla de Flores se convirtió en una puerta de entrada para la inmigración. Un hotel de inmigrantes funcionó en la isla como lazareto para imponer cuarentenas obligatorias y, a partir de 1935, las mismas instalaciones fueron reutilizadas como prisión, incluso durante la dictadura de Gabriel Terra. El valor patrimonial de la isla fue reconocido formalmente en 2011, cuando las obras de reconstrucción bajo el Proyecto Isla de Flores fueron declaradas de Interés Nacional. En 2012, el Ministerio de Vivienda, Ordenamiento Territorial y Medio Ambiente de Uruguay firmó un acuerdo con el Instituto de Investigaciones Históricas y Sociales del Plata (IIHSP) para diseñar e implementar la gestión y recuperación del patrimonio natural y cultural de la isla, y el Museo del Lazareto abrió en el primer islote en enero de 2018. El 6 de junio de 2012, una aeronave de Air Class desapareció en las aguas cercanas a la isla; sus restos fueron localizados al sureste el 20 de julio de ese mismo año.
